消費税の「納付税額合計」が消費者が負担する消費税額よりも多くなってはダメだろうということで、インボイス制度を修正したバージョンを考えてみた。次の図のようなイメージだが、実際のインボイス制度が私が考えた修正バージョンと同じだという情報は見つからない。
インボイス制度だと、免税事業者から仕入れた事業者は免税事業者に支払った消費税の全てを納税しないといけないのだと思うけれど、もしも免税事業者が仕入れた時に支払った消費税分を控除できて免税事業者の利益等に対する消費税分だけを負担するとしたら、上の図だと、「納付税額合計」が消費者が負担する消費税額と一致する。
ただ、そのようにするには免税事業者が消費税を請求するときに仕入れ時に支払った消費税と利益等に対する消費税を分けて記載した請求書を渡さなくてはいけなくて、手間がかかる。
免税事業者の手間は増えるが、これでインボイス制度の欠陥が改善されたように見える。しかし、それは幻想である。インボイス制度の欠陥は改善されず、免税事業者の手間だけが増えたことになる。それは、下の図のように、例えば免税事業者から仕入れた事業者も免税事業者だった場合である。
（免税事業者が免税事業者から仕入れた場合）
上の図は完成品製造業者「製造業者Ａ」だけでなく「製造業者Ａ」から仕入れた卸売業者（以下「卸売業者Ｂ」と書く）も「免税事業者」だった場合のイメージである。
「製造業者Ａ」だけでなく「卸売業者Ｂ」も消費税（2000円、ただし「製造業者Ａ」が免税事業者なので7000円）を納めず、「卸売業者Ｂ」から仕入れた小売業者（以下「小売業者Ｃ」と書く）は、インボイス制度では「仕入税額控除」が適用できず、「卸売業者Ｂ」に支払った消費税分（7000円）も納税しなければいけない（納付税額は3000円＋7000円＝10,000円）。国に納められた「納付税額合計」は 2,000円＋10,000円＝12,000円 で消費者が負担する消費税額10,000円よりも多くなる。
もしも「小売業者Ｃ」が「卸売業者Ｂ」に支払った消費税（7000円）の内「卸売業者Ｂ」が「製造業者Ａ」に支払った消費税（5000円）を控除できる仕組みなら、「小売業者Ｃ」が納める消費税は 3000円＋2000円＝5000円 になる。すると、国に納められた「納付税額合計」は 2000円＋5000円＝7000円 で消費者が負担する消費税額10,000円よりも少なくなる。
免税事業者から仕入れた事業者が免税事業者に支払った消費税の全てを納税しないといけないインボイス制度の構造的な欠陥（消費税の「納付税額合計」が消費者が負担する消費税額と一致しない）を改善しようとした「免税事業者から仕入れた事業者は免税事業者が仕入れた時に支払った消費税分を控除できて免税事業者の利益等に対する消費税分だけを負担する」仕組みでも、消費税の「納付税額合計」が消費者が負担する消費税額と一致しない問題が生じてしまった。
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